Association sans but lucratif, la junior-entreprise réalise des missions professionnelles à partir des compétences acquises, notamment en master, augmentant leurs chances de trouver emploi et stages. Pour bénéficier du label de JE (qui comprend notamment des abattements de charges), il faut que les missions proposées aux étudiants aient un lien direct avec le contenu des enseignements et un intérêt pédagogique. Au-delà des missions traditionnellement dévolues aux  Junior d’écoles (études de marché, réalisation de business plans, études techniques pour les ingénieurs), les JE universitaires offrent de nouveaux types de missions : géographie, statistiques, communication, aménagement urbain…

Elles sont au nombre de 177 en France (dont 38 en université) et sont administrées par 2 600 étudiants ; 17 600 étudiants ont conduit des missions. En université, le temps passé est pris sur les loisirs, leur activité n’étant pas reconnue dans les enseignements contrairement aux grandes écoles.

Un exemple pour illustrer : Sa JE, au chiffre d’affaires annuel de 33 000€ est géré par 22 administrateurs bénévoles. Pour la quarantaine d’intervenants, la journée est facturée entre 80 et 320€ (la norme imposée aux JE) ; toutes charges déduites, l’étudiant en reçoit la moitié.